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頭體長12~19公分,尾長11~19公分,體重50~120公克。身體背部為濃褐色,腹部短毛呈污白色,尾長約等於身體長,呈褐色。門齒及臼齒發達,善於啃咬及研磨,但犬齒與前臼齒退化消失。齒式:門齒1/1,犬齒0/0,前臼齒0/0,臼齒3/3;總齒數= 16。
夜間活動為主,喜食甘蔗、花生、地瓜等農作物,以及植物之種籽。全年皆可生殖,夏季為其生殖高峰期,一胎約可生4隻幼鼠。野外壽命約可達15個月。
普遍分布在台灣全島低海拔地區的農墾地及荒廢草生地,以及蘭嶼與綠島及龜山島等東部離島,惟離島的部份個體有毛髮黑化種。小黃腹鼠是一種農墾地非常普遍的野鼠,在其分布的地區數量往往很多,為田間優勢鼠類之一。
小黃腹鼠偏好人類活動的農墾區或雜草叢生的荒廢地。